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A Coordenadoria de Defesa Sanitária Animal tem a de missão promover a sanidade animal, o bem-estar animal e a saúde pública mediante aplicação de metodologias cientificamente comprovadas, observando-se as normas estaduais, federais e internacionais que regulam as atividades de prevenção, controle e erradicação das doenças dos animais, competindo-lhe:

I- assessorar à Diretoria Técnica nos assuntos inerentes à defesa sanitária animal;

II- planejar, organizar, dirigir, coordenar e controlar a execução dos programas sanitários e projetos de prevenção, controle e/ou erradicação de doenças infecciosas, contagiosas ou não e parasitárias dos animais, consideradas endêmicas, erradicadas ou exóticas;

III- controlar o trânsito de animais e subprodutos de origem animal, com a finalidade proporcionar a rastreabilidade e garantias sanitárias mínimas para prevenir a disseminação de doenças;

IV- coordenar e controlar a fiscalização, vigilância epidemiológica veterinária e o controle sanitário em exposições, feiras, mercados de animais vivos e outras aglomerações de animais;

V- coordenar as medidas específicas de defesa sanitária animal referentes ao saneamento, apreensão, desinfecção, interdição, isolamento, marcação, sacrifício e outras medidas, aplicáveis a animais, seus produtos, subprodutos e quaisquer outros materiais potencialmente veiculadores de doenças, estendendo-as aos meios de transportes e às instalações dos estabelecimentos pecuários;

VI- distribuir e controlar o uso de medicamentos aplicados para fins de eutanásia pelos Médicos Veterinários Oficiais;

VII- registrar e/ou certificar estabelecimentos livres, controlados de enfermidades e participar da coordenação de auditorias para aprovação de estabelecimentos agropecuários;

VIII- coordenar a fiscalização do comércio de aves vivas, produtos de uso veterinário e outros insumos pecuários;

IX- licenciar revendas para a comercialização de aves vivas, produtos de uso veterinário, insumos pecuários e assemelhados em seu cadastro Estadual de Estabelecimentos;

X- coordenar as atividades de vigilância epidemiológica veterinária visando a detecção de doenças endêmicas, erradicadas ou exóticas;

XI- coordenar as ações de controle de resíduos e contaminantes em animais e insumos pecuários nos estabelecimentos rurais;

XII- coordenar as ações de rastreabilidade e identificação de animais em estabelecimentos rurais, a exemplo do Sistema de Identificação de Bovinos e Bubalinos ou outro similar que vier a ser implantado;

XIII- cadastrar, habilitar e credenciar profissionais médicos veterinários para execução de atividades ligadas a defesa sanitária animal;

XIV- coordenar a fiscalização de Médicos Veterinários habilitados, credenciados e cadastrados e executar os processos de cassação ou suspensão da habilitação, credenciamento ou cadastramento;

XV- planejar, organizar, dirigir, coordenar e controlar a execução das atividades de educação sanitária em defesa sanitária animal;

XVI- planejar, organizar, dirigir, coordenar treinamentos para os executores da defesa sanitária animal do quadro do INDEA e colaboradores externos;

XVII- planejar, organizar, dirigir, coordenar e controlar a execução do cadastramento de proprietários e os estabelecimentos envolvidos com a exploração de animais, beneficiamento ou comercialização de produtos de origem animal, frigoríficos, laticínios, leilões rurais, exposição e feiras de animais, revendas de produtos de uso veterinário e de insumos pecuários e assemelhados;

XVIII- acionar o Grupo Especial de Atendimento a Suspeitas de Enfermidades Emergenciais e coordenar as ações até a recuperação do status anterior;

XIX- elaborar relatórios e informes destinados ao Ministério da Agricultura Pecuária e Abastecimento e outros órgãos relacionados;

XX- elaborar instruções de serviço, instruções normativas, projetos de lei, decretos e outros atos relacionados à defesa sanitária animal;

XXI- coordenar a elaboração do Plano Plurianual, Plano de Trabalho Anual e demais instrumentos de planejamento do programa de defesa sanitária animal;

XXII- acompanhar missões internacionais e auditorias de entidades brasileiras visando apresentar, esclarecer e dar os devidos encaminhamentos às solicitações mediante planos de ação específicos;

XXIII- coordenar a atuação dos Monitores Veterinários visando avaliar a execução dos procedimentos estabelecidos;

XXIV- realizar auditorias em Unidades Locais de Execução, Postos Fiscais, Barreiras Sanitárias, Unidades Veterinárias Locais, laboratório, outras unidades do INDEA e estabelecimentos relacionados com atividade pecuária;

XXV- coordenar, apoiar e supervisionar as atividades realizadas no Laboratório de Saúde Animal “Anibal Molina”;

XXVI- coordenar e demandar a gerência de informação para disponibilizar os dados referentes aos programas, projetos e atividades executados no contexto da Defesa Sanitária Animal.